Dernière mise à jour le
16-Déc-2009
Laboratoire de génétique écologique (EGLAB)
Responsable : Caroline Scotti-Saintagne
Le laboratoire de génétique écologique (EGLab) a comme but de fournir aux chercheurs l’accès à la diversité génétique des organismes de la forêt guyanaise, c'est-à-dire de permettre l’étude expérimentale de la base génétique des caractéristiques biologiques (propriétés de l’ADN, propriétés enzymatiques, caractéristiques morphologiques et fonctionnelles, propriétés physico-chimiques…) et de leur diversité inter- et intraspécifique, ainsi que de développer et appliquer les méthodes génétiques qui permettent d’élucider les mécanismes de la dynamique forestière. Les structures d’EGLab sont donc consacrées à la compréhension des interactions entre génotypes et environnement, en s’appuyant sur toutes les stratégies d’investigation scientifiques propres à la génétique dans son interaction avec les disciplines écologiques.
La plateforme est située sur le Campus Agronomique de Kourou. Elle se compose de six dispositifs :
Le laboratoire de stockage et extraction est équipé avec six congélateurs (dont deux de long stockage à -80 °C) et deux ultracentrifugeuses ; il sera équipé en 2008-2009 d’un robot pour l’extraction à haut débit en plaque de 96 échantillons.
Le laboratoire de préparation et vérification des PCR est constitué d’une pièce de préparation des réactions (confinée afin de limiter les contaminations entrantes), de quatre thermocycleurs (pour une capacité de 384 réactions en parallèle ; cette capacité sera au moins doublée en 2008-2009), d’un laboratoire d’électrophorèse et d’une salle de détection post-électrophorèse (confinée pour empêcher les contaminations sortantes). La conversion des méthodes basées sur le bromure d’ethidium, hautement toxique, vers des méthodes de détection basées sur des colorants à faible impacte sanitaire en environnemental est prévue pour 2008-2009.
Le typage de l’ADN (séquençage et génotypage) est effectué sur deux séquenceurs automatiques capillaires (dont l’un à 16 canaux et l’autre monocanal) qui garantissent un débit d’analyse adéquat aux activités ordinaires d’EGLab (les programmes de séquençage à très haut débit étant externalisés); le typage enzymatique est effectué sur un lecteur spectrophotométrique en plaque, permettant la détection instantanée par lots de 96 échantillons.
L’analyse des données, notamment pour ce qui concerne le séquençage et le génotypage, repose sur l’utilisation d’un serveur, accessible en réseau par les utilisateurs, et d’un poste de travail qui hébergent des logiciels (payants et libres) conçus spécifiquement pour l’analyse des données en sortie des séquenceurs automatiques et pour l’analyse statistique des données génétiques. Les données seront centralisées et stockées dans une base de données interactive. La structure de la base de données est disponible et la tâche de stockage sera effectuée en 2008-2009.
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