Etude de faisabilité d’un atlas moléculaire pour les arbres de la forêt guyanaise (barcoding)

Thème

Le projet consiste dans une étude préliminaire qualifiée de « faisabilité » visant à obtenir les empreintes de type « barcoding » sur 2000 échantillons (approximativement 450 espèces ou morphoespèces représentées chacune par quatre ou cinq individus).

Ces empreintes seront ensuite comparées au statut taxonomique de chaque arbre tel que défini aujourd’hui par la systématique basée sur des caractères morphologiques. Cette comparaison, par son ampleur et son côté systématique, présente un caractère innovant et permettra d’identifier l’intérêt et les limites des empreintes moléculaires pour des applications concrètes très diverses : diagnostic, traçabilité etc.

Financement & durée

  • Génoscope via le projet Barcode CIRES
  • ECOFOG, AMAP
  • BIOGECO, CBGP

Responsable scientifique

Ivan Scotti.

Partenariat scientifique

  • UMR ECOFOG Kourou (C. Scotti Saintagne, Ivan Scotti, S. Cazal)
  • UMR AMAP Montpellier & Cayenne (D. Sabatier, JF Molino, JL. Smock)
  • UMR BIOGECO Bordeaux (H. Caron, R. Petit, A. Franc, A. Kremer)
  • UMR CBGP Montpellier (J.Y. Rasplus, G. Genson)

Présentation du projet

Le nombre d’espèces d’arbres (dbh>10 cm) en forêt guyanaise est estimé à environ 1500. Alors qu’en Guyane, la communauté scientifique dispose de facilités remarquables pour des études in situ en biologie et écologie, l’identification des arbres sur le terrain ou sur échantillons d’herbiers reste problématique pour la plupart des espèces. Non seulement les caractères de détermination en théorie les plus discriminants (appareil de reproduction) sont souvent absents ou difficiles d’accès sur le terrain, mais en outre leur présence (et la collecte d’un échantillon d’herbier fertile) ne garantit pas une identification aisée ni rapide. Des caractères basés sur l’appareil végétatif peuvent aussi être utilisés sur le terrain et en herbier, mais requièrent l’intervention de systématiciens spécialistes de groupes précis ou de botanistes de terrain avec une longue expérience. En parallèle à la mise au point (en cours) d’outils d’identification faciles à utiliser par des non-spécialistes, basés sur la morphologie, une approche de type « barcoding » pourrait être très utile. Cela nécessite de constituer au préalable une base de données de référence, un atlas moléculaire, en parallèle de la taxinomie basée sur des caractères morphologiques.
L’atlas moléculaire est une étape importante dans la mise en place de la certification des bois tropicaux (Simula 2005)

Cette démarche de développement d’outils moléculaires pour la reconnaissance d’espèces est déjà en cours dans d’autres équipes du département EFPA et de l’INRA, au sein du groupe de travail CIRES. Inclure les arbres dans cette dynamique collective permettra le partage d’expérience sur le plan méthodologique (outils bioinformatiques par exemple)

L’intérêt du « barcoding » pour la reconnaissance des plantes est actuellement largement débattu sur le plan théorique, mais les références à des études de terrain sont encore peu nombreuses (Will et Rubinoff 2004, Kress et coll.. 2005, Newmaster et coll. 2006, Rubinoff et coll.2006). Le « barcoding » est basé sur la séquence d’un nombre très limité de fragments d’ADN nucléaire ou cytoplasmique. Les fragments choisis correspondent la plupart du temps à ceux utilisés pour la phylogénie moléculaire (rbcL, pour le génome chloroplastique et ITS pour le génome nucléaire). D’autres méthodes, plus précises et basées sur les principes de la génétique des populations, sont envisageables et pourraient à terme remplacer le barcoding (Duminil et al. 2006). Elles consistent à assigner un individu sur la base de son génotype multilocus à une population définie par des hypothèses de structure de population (équilibre de Hardy Weinberg et équilibre de liaison).

DiaryTous les événements

July 2020 :

Nothing for this month

June 2020 | August 2020

News items Toutes les brèves