Laboratoire de Génétique écologique (EGLAB)

Responsable : Henri Caron
Responsable scientifique : Niklas Tysklind

Objectifs et finalités

Le laboratoire de génétique écologique (EGLab) a comme but de fournir aux chercheurs l’accès à la diversité génétique des organismes de la forêt guyanaise, c’est-à-dire de permettre l’étude expérimentale de la base génétique des caractéristiques biologiques (propriétés de l’ADN, propriétés enzymatiques, caractéristiques morphologiques et fonctionnelles, propriétés physico-chimiques…) et de leur diversité inter- et intraspécifique, ainsi que de développer et appliquer les méthodes génétiques qui permettent d’élucider les mécanismes de la dynamique forestière. Les structures d’EGLab sont donc consacrées à la compréhension des interactions entre génotypes et environnement, en s’appuyant sur toutes les stratégies d’investigation scientifiques propres à la génétique dans son interaction avec les disciplines écologiques.

Localisation et surfaces utiles

La plateforme est située sur le Campus Agronomique de Kourou. Elle se compose de six dispositifs :

  • les serres, qui permettent la mise en culture des plants pour le suivi des propriétés biologiques des arbres forestiers et l’analyse génétique quantitative
  • le laboratoire d’extraction et stockage des acides nucléiques et des extraits enzymatiques, qui joue également le rôle d’interface entre le terrain et le laboratoire et réduit les risques de contamination
  • le laboratoire de microbiologie, consacré à l’analyse et la mise en culture des microorganismes, soit en tant que sujet d’étude, soit en tant que vecteurs pour le clonage de l’ADN
  • le laboratoire de biologie moléculaire, consacré à l’exécution des opérations liées à l’analyse de l’expression des gènes, au clonage, au génotypage et au séquençage
  • le laboratoire de détection moléculaire pour le typage enzymatique, le séquençage et le génotypage, centré autour des appareils automatisés de détection des molécules biologiques
  • la filière d’analyse statistique, composée de l’ensemble de hardware et de software permettant l’analyse systématique des données produites par EGLab.

Principaux équipements

Filière stockage et extraction

Le laboratoire de stockage et extraction est équipé avec six congélateurs (dont deux de long stockage à -80 °C) et deux ultracentrifugeuses ; il sera équipé en 2008-2009 d’un robot pour l’extraction à haut débit en plaque de 96 échantillons.

Filière PCR

Le laboratoire de préparation et vérification des PCR est constitué d’une pièce de préparation des réactions (confinée afin de limiter les contaminations entrantes), de quatre thermocycleurs (pour une capacité de 384 réactions en parallèle ; cette capacité sera au moins doublée en 2008-2009), d’un laboratoire d’électrophorèse et d’une salle de détection post-électrophorèse (confinée pour empêcher les contaminations sortantes). La conversion des méthodes basées sur le bromure d’ethidium, hautement toxique, vers des méthodes de détection basées sur des colorants à faible impacte sanitaire en environnemental est prévue pour 2008-2009.

Filière typage

Le typage de l’ADN (séquençage et génotypage) est effectué sur deux séquenceurs automatiques capillaires (dont l’un à 16 canaux et l’autre monocanal) qui garantissent un débit d’analyse adéquat aux activités ordinaires d’EGLab (les programmes de séquençage à très haut débit étant externalisés) ; le typage enzymatique est effectué sur un lecteur spectrophotométrique en plaque, permettant la détection instantanée par lots de 96 échantillons.

Filière analyse des données

L’analyse des données, notamment pour ce qui concerne le séquençage et le génotypage, repose sur l’utilisation d’un serveur, accessible en réseau par les utilisateurs, et d’un poste de travail qui hébergent des logiciels (payants et libres) conçus spécifiquement pour l’analyse des données en sortie des séquenceurs automatiques et pour l’analyse statistique des données génétiques. Les données seront centralisées et stockées dans une base de données interactive.

AgendaTous les événements

Brèves Toutes les brèves