FunGuy

Thème

Etude de la diversité des FUNgi en GUYane française.

Financement & durée

Ceba, 2012.

Responsable scientifique

Mélanie Roy, UMR EDB.

Partenaires scientifiques

  • UMR EcoFoG
  • UMR EDB

Présentation du projet

Explorer la diversité des champignons en Amazonie

Taxonomistes et écologues s’accordent pour souligner la sous-estimation de la diversité des champignons tropicaux (Dickie, 2008 ; Courtecuisse, 2009). La diversité des champignons endophytes semble maximale en région tropicale (Arnold et Lutzoni, 2007). Néanmoins le manque de données sur la taxonomie et l’écologie de ces endophytes limite les comparaisons entre sites et la poursuite d’études sur leur diversité fonctionnelle.

Par ailleurs, les travaux de T. Henkel au Guyana ont révélé une diversité morphologique impressionnante notamment chez les champignons ectomycorhiziens (Smith et al. 2011), et les premiers inventaires de R. Courtecuisse aux Nouragues ont mentionné de nouveaux genres pour l’Amazonie (Courtecuisse, 1989). Pourtant, les champignons ectomycorhiziens sont réputés rares d’après la répartition des arbres hôtes potentiels connus à ce jour (Béreau et Garbaye, 1984).

Un premier objectif de ce projet est d’explorer la diversité de groupes écologiques dont les fructifications sont réputées rares en Amazonie mais qui sont souvent détectés par le séquençage d’ADN environnemental, comme les endophytes ou les champignons ectomycorhiziens.

Explorer la diversité fonctionnelle des champignons en Amazonie

Ces fructifications peuvent permettre d’identifier les espèces de champignons et de les localiser, et de déterminer certaines de leurs fonctions. Par exemple, les champignons ectomycorhiziens ont une signature isotopique différente des champignons saprophytes. Par ailleurs, le prélèvement du mycélium à proximité des fructifications peut permettre de mesurer l’activité enzymatique de ces champignons, et notamment de quantifier leur activité laccases, peroxidases, cellulases hémicellulases et phosphatases. Ces activités sont différentes entre champignons ectomycorhiziens et saprophytes.

Un second objectif de ce projet est de caractériser fonctionnellement les champignons échantillonnés, dans la mesure où le mode de nutrition de certaines espèces est inconnu ou incertain (comme pour les hygrophores, ou certains polypores).

Relier la diversité des arbres hôtes et de leurs champignons associés

Les patrons d’association des champignons à leurs arbres hôtes ne sont pas bien connus en Amazonie, et des études récentes ont révélé de nouveaux arbres ectomycorhizés (Dickie, 2008). Les champignons ectomycorhiziens semblent souvent généralistes (Tedersoo et al. 2009) tandis que les champignons endophytes révèlent parfois plus de spécificité (Arnold et Herre, 2003). La diversité de ces deux groupes écologiques n’a jamais été comparée à celle des plantes dans des points chauds de diversité telle que les forêts amazoniennes. Cette comparaison fait partie des objectifs de l’ANR Metabar. Cependant, les analyses de la diversité de ces groupes sont souvent limitées par l’identification des espèces à partir de séquences environnementales (Tedersoo et al. 2010).

Un troisième objectif de ce projet est de produire un inventaire de la diversité des espèces de champignons ectomycorhiziens et endophytes sur des sites où la diversité des arbres est connue et où la diversité des champignons sera estimée à partir du séquençage d’ADN environnemental. Dans la mesure où les fructifications des champignons sont assez éphémères et imprévisibles, plusieurs campagnes d’échantillonnages sont prévues, ainsi que le choix de placettes pour un suivi à long terme, sur le modèle des sites suivis par l’équipe de T. Henkel au Guyana.

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