Caroline Birer

Thèse soutenue le 06 avril 2017

Métabolites de fourmis de Guyane et de leurs microorganismes associés : une approche d’écologie fonctionnelle comme source d’inspiration pour la découverte de composés antimalariques et antimicrobiens

Le microbiote bactérien cuticulaire des fourmis (Hymenoptera : Formicidae) est connu pour avoir un rôle défensif chez ces insectes sociaux, notamment chez les fourmis attines (Formicidae : Attini) grâce l’utilisation de molécules antimicrobiennes produites par des actinobactéries cuticulaires. Dans le cadre de cette thèse, nous avons étudié le microbiote bactérien des fourmis de Guyane en utilisant différentes approches en chimie des produits naturels et en écologie moléculaire.
Le premier chapitre décrit l’isolement, l’identification, la culture et l’évaluation biologique de 45 actinobactéries cuticulaires de fourmis de Guyane. Les tests d’antagonismes des souches isolées et l’activité antibiotique des extraits de culture contre des micro-organismes pathogènes humains sont présentés ainsi que l’identification d’un dipeptide cyclique (Cyclo(Pro-Phe)) antimicrobien qui a été isolé à partir d’une souche proche de Streptomyces thioluteus.
Le deuxième chapitre présente une étude méthodologique pour comparer quatre méthodes d’extraction d’ADN, en termes de richesse et de composition du microbiote bactérien cuticulaire, par séquençage haut débit à partir des espèces Atta cephalotes et Pseudomyrmex penetrator. Les résultats du métabarcoding ADN révèlent des différences inter- et intraspécifiques dans la composition des communautés bactériennes cuticulaires.
Enfin, le chapitre trois décrit la composition du microbiote bactérien cuticulaire des espèces Camponotus femoratus et Crematogaster levior dans les jardins de fourmis. Les résultats soulignent l’acquisition d’une partie du microbiote dans l’environnement. En parallèle l’analyse des cuticules montre à contrario une plus grande spécificité liée à l’espèce de fourmi.

Cette thèse est cofinancée par le labex Ceba.

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