On agenda 12 November 2019

  • Nathalie PEYRARD (INRA, MIA Toulouse)

    Produire un inventaire d’OTUs à partir d’un échantillon environnemental est devenu banal. Or, c’est un sujet difficile car (i) faisant appel à l’apprentissage non supervisé et (ii) s’appuyant sur des données massives en métabarcoding. Nous présenterons les travaux d’une thèse en cours (Anwar Abouabdallah) où nous développons une méthode de construction des OTUs par un modèle statistique (modèle dit SBM, Stochastic Block Model). Cette approche permet non seulement de construire des OTUs, mais également d’utiliser les paramètres du modèle statistique pour proposer une caractérisation compacte mais non scalaire de la biodiversité. En cette phase de début de la thèse, nous utilisons les données de barcoding des arbres de Guyane (Caron & al., 2019) pour comparer l’assignation botanique, par SBM ou plus classiquement par classification des séquences de l’atlas moléculaire des arbres de Guyane.

    Visio conférence

    Adresse IP 194.214.202.146
    Numéro de la conférence 729630
    Mot de passe 9731
    Téléphone ou RNIS +33 (0)4 26 68 73 07

    Via un navigateur Web (PC, tablette, smartphone) : lien scopia
    Aide à l’utilisation de ce lien (cf page 9)
    Aide mise à jour Scopia, janvier 2016 (Client)

    Salle Silvolab (Campus de Kourou)

  • Alain FRANC (INRA)

    Depuis une dizaine d’années, le concept de métapopulation a été élargi aux métacommunautés, où chaque patch héberge une communauté avec sa diversité et ses interactions, qui sont connectés via la dispersion. Plusieurs paradigmes de métacommunauté ont été proposés comme “patch dynamics”, dynamique sur un gradient environnemental, “mass effect” et un modèle neutre (Leibold & al., 2004). Nous utilisons un modèle stochastique, une généralisation du processus de contact, qui simule la dynamique globale d’une métacommunauté. La complexité du modèle (nombre de variables et paramètres) fait qu’il est illusoire de rechercher une expression analytique de l’état quasi-stationnaire du modèle. Dans ce travail (i) nous nous attachons à construire une analyse simplifiée du modèle de “patch dynamics” (approximation dite de champ moyen), et (ii) nous étudions le modèle avec gradient environnemental pour valider l’hypothèse que le ratio entre les mortalités dues aux interactions locales et les taux de dispersion gouvernent la dynamique du système, comme cela est le cas dans les métapopulations (modèle de Levins). En perspective, nous souhaitons étudier si un tel modèle peut apporter un éclairage sur la dynamique de la diversité des espèces en FTH, en espace continu.

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